2009年、当病院が急性期病院として新病院に生まれ変わる際に「内科の窓口」的役割を担う目的で「救急総合診療部」が始まりました．診療内容は，以下のような内容でした。

これまでの救急総合診療部を「救急センター」として名称変更するのをきっかけに、新たに「総合内科」として標榜することになりました。名称と同様に診療内容も救急外来部門を除いた診療内容を担うことになります。

午前は常勤医と非常勤医（長崎大学病院派遣医）とで曜日毎に診療を担当しており、午後は予約患者さんと急患・紹介患者さんのみの診療となっています。 プライマリ・ケア対象の患者さん以外にも、「どの診療科を受診すればよいかわからない」、「定期受診が必要となったが、かかりつけ医をもたないので紹介してほしい」など様々な理由で患者さんが受診されています。 診療結果によって、必要に応じた治療や専門診療科への紹介を行っていきます。定期的な経過観察やかかりつけ医が必要な場合には、主に開業医の先生方や施設嘱託医の先生方にお願いしております。

ほとんどが緊急／時間外入院の患者さんです。「院内の各専門診療科に該当する診療科がない」、「高齢者のように問題点が多岐にわたっている」、「病態がまだはっきりとしていない」などの様々な患者さんを対象として常勤医が担当しております。 週1回の他職種とのカンファレンスでチーム医療を意識しながら、個々の病態、家庭背景、生活環境を配慮して、自宅や施設への直接退院、回復期や療養型病床への転院等を決定しております。